ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2549 กองกำลังช่วยเหลือความมั่นคงระหว่างประเทศ (ISAF) ได้ถูกส่งไปยังอัฟกานิสถานเพื่อช่วยเหลือกองทัพสหรัฐฯ และสหราชอาณาจักรในการต่อสู้กับกลุ่มตอลิบานกึ่งทหารของอิสลามิสต์ รัฐบาลสหรัฐกล่าวหาว่าตอลิบานให้ที่พักพิงแก่หัวหน้ากลุ่มอัลกออิดะห์ Osama bin Laden และเรียกร้องให้ส่งผู้ร้ายข้ามแดน ผู้นำตอลิบานปฏิเสธที่จะปฏิบัติตามข้อเรียกร้องนี้ โดยกล่าวว่าสหรัฐฯ ไม่ได้ให้หลักฐานแสดงความผิดของโอซามาในการโจมตี 9/11/2544
ในตอนท้ายของปี 2544 โครงสร้างทางทหารของตอลิบานถูกทำลายไปเกือบหมด และการต่อต้านของผู้สนับสนุนก็เกิดขึ้นในรูปแบบของขบวนการกองโจร ประเทศตะวันตกลงทุนอย่างมากในการพัฒนาประชาธิปไตยและโครงสร้างทางสังคมของอัฟกานิสถาน ในปี 2547 ฮามิด คาร์ไซ นักการเมืองผู้ภักดีต่อตะวันตกชนะการเลือกตั้งประธานาธิบดีครั้งแรกของประเทศ อย่างไรก็ตาม การต่อต้านของผู้สนับสนุนตอลิบานล้มเหลวในการปราบปราม กองโจรต่อสู้อย่างดุเดือดทั้งๆ ที่กองกำลัง ISAF เหนือกว่ากองทัพอย่างท่วมท้น
ฝรั่งเศส เช่นเดียวกับสมาชิกคนอื่น ๆ ของพันธมิตร ประสบความสูญเสียในอุปกรณ์และกำลังคน ในช่วง 10 ปีของสงครามในอัฟกานิสถาน ทหาร 83 นายถูกสังหารและบาดเจ็บอีกหลายเท่า การตัดสินใจให้ฝรั่งเศสเข้าร่วมปฏิบัติการทางทหารนั้นไม่ค่อยได้รับความนิยมในหมู่ประชาชน และรายงานการเสียชีวิตของทหารฝรั่งเศสเพิ่มความไม่พอใจรัฐบาล
เมื่อวันที่ 20 มกราคม 2555 ในจังหวัด Kapisa ชายในชุดเครื่องแบบทหารอัฟกันยิง 4 นายและทหารฝรั่งเศส 16 นายได้รับบาดเจ็บ หลังจากนั้น Nicolas Sarkozy (ประธานาธิบดีฝรั่งเศสตั้งแต่ปี 2550 ถึง 2555) กล่าวว่าเนื่องจากรัฐบาลอัฟกานิสถานไม่สามารถรับประกันความปลอดภัยของกองทหารฝรั่งเศสได้ ฝรั่งเศสจึงระงับการแสดงตนทางทหารในประเทศนั้น ซาร์โกซีสัญญาว่าจะถอนทหารออกจากอัฟกานิสถานภายในต้นปี 2557
ในปี 2555 ฟรองซัวส์ ออลลองด์ได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีของฝรั่งเศส ซึ่งประกาศแผนการใหม่ที่จะถอนตัวจากอัฟกานิสถาน ทหาร 2,000 นายจะถูกถอนออกภายในสิ้นปี 2555 เหลืออีก 1,400 นายเป็นผู้สอนและดูแลสิ่งอำนวยความสะดวกทางสังคม ประธานาธิบดีอธิบายการตัดสินใจของเขาโดยข้อเท็จจริงที่ว่าอันตรายจากการก่อการร้ายลดน้อยลง ประชาธิปไตยแข็งแกร่งขึ้น และประเทศต้องพัฒนาอย่างอิสระ หัวหน้าสาธารณรัฐสัญญาว่าฝรั่งเศสจะสนับสนุนอัฟกานิสถานต่อไป แต่ในรูปแบบที่ต่างออกไป