ภายในของโบสถ์ออร์โธดอกซ์มักจะแบ่งออกเป็นสามส่วน: ส่วนด้น ส่วนหลัก และแท่นบูชา แท่นบูชาเป็นที่ศักดิ์สิทธิ์ที่สุดของวัด ที่นั่นมีการอัศจรรย์ของการนำขนมปังและเหล้าองุ่นมาใช้กับพระกายและพระโลหิตของพระเยซูคริสต์
ในโบสถ์ออร์โธดอกซ์ แท่นบูชาถูกแยกออกจากห้องหลักสำหรับผู้มาสักการะด้วยกำแพงที่มีรูปเคารพซึ่งเรียกว่ารูปเคารพ แท่นบูชาเองใช้พื้นที่ที่เล็กกว่าส่วนหลักของวัดซึ่งผู้ศรัทธามาสักการะ เนื่องจากแท่นบูชาเป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ที่สุดของวัด ทางเข้าจึงอนุญาตให้เฉพาะนักบวชและผู้ที่มีพรพิเศษจากลำดับชั้นเท่านั้น
ตรงกลางแท่นบูชามีพระที่นั่งศักดิ์สิทธิ์ มันอยู่ที่ว่าศีลระลึกของศีลมหาสนิทมีการเฉลิมฉลองในระหว่างพิธีสวดศักดิ์สิทธิ์ นักบวชยืนอยู่หน้าแท่นบูชาระหว่างพิธี บนบัลลังก์นั้นมีไม้กางเขนแท่นบูชา พระกิตติคุณ ปฏิปักษ์ เช่นเดียวกับพลับพลาและโคมไฟรูปเคารพ พลับพลาบรรจุของกำนัลศักดิ์สิทธิ์แห้งสำหรับการมีส่วนร่วมของผู้เชื่อที่บ้าน
ทางตอนเหนือของแท่นบูชาของโบสถ์ออร์โธดอกซ์มีแท่นบูชาอยู่ มันอยู่ที่นักบวชแสดง proskomedia เตรียมขนมปังและไวน์สำหรับศีลศักดิ์สิทธิ์ของศีลมหาสนิท เมื่อถึงจุดหนึ่งในพิธีสวด ขนมปังและเหล้าองุ่นที่ยังไม่ได้ถวายจะถูกโอนไปยังบัลลังก์
ส่วนสำคัญของแท่นบูชาออร์โธดอกซ์คือเชิงเทียนเจ็ดกิ่งที่อยู่ด้านหลังแท่นบูชาใกล้กับภาคตะวันออก เชิงเทียนเจ็ดกิ่งคือการสร้างโคมไฟไอคอนหรือเทียนเจ็ดดวง หากเชิงเทียนเจ็ดกิ่งมีขนาดเล็กก็สามารถตั้งอยู่บนบัลลังก์ได้ วัตถุที่คล้ายกันยังคงอยู่ในแท่นบูชาของพลับพลาในพันธสัญญาเดิม
กำแพงด้านตะวันออกของแท่นบูชาตกแต่งด้วยรูปเคารพของพระคริสต์พระผู้ช่วยให้รอด ส่วนใหญ่แล้วภาพศักดิ์สิทธิ์แสดงถึงการฟื้นคืนพระชนม์ของพระเยซูคริสต์ ส่วนนี้ของแท่นบูชาเรียกว่าปูชนียสถานสูง ด้านหน้าของไอคอนของพระผู้ช่วยให้รอดส่วนใหญ่มักมีโคมไฟไอคอนแขวนอยู่และที่สูงสุดมีที่สำหรับที่นั่งของนักบวช
ทางตอนใต้ของแท่นบูชามักจัดที่สำหรับวางกระถางไฟ อาจมีเตาไฟฟ้าที่เด็กแท่นบูชาสามารถจุดถ่านสำหรับกระถางไฟได้
นอกจากนี้ แท่นบูชาอาจมีสุสานที่มีผ้าห่อศพของพระเยซูคริสต์และพระธีโอทอกอสที่ศักดิ์สิทธิ์ที่สุด เจ้าอาวาสวัดระบุตำแหน่งเฉพาะของศาลเจ้าเหล่านี้
ควรสังเกตว่าภายในแท่นบูชาตกแต่งด้วยไอคอนหรือภาพวาดฝาผนังต่างๆ โครงเรื่องของภาพวาดและภาพศักดิ์สิทธิ์อาจแตกต่างกัน บางครั้งสิ่งเหล่านี้เป็นเหตุการณ์ในประวัติศาสตร์ในพันธสัญญาใหม่ ในกรณีอื่นๆ เช่น ใบหน้าของนักบุญ ทูตสวรรค์ หรือพระมารดาของพระเจ้า